Территория Панамы, несмотря на её относительно небольшие размеры, густо покрыта природоохранными зонами. Древняя фауна страны считается одной из самых разнообразных на континенте, здесь произрастает более 1300 видов растений, а горные леса Панамы считаются последним пристанищем редчайших реликтовых видов. Долина Антин (Эль-Валье-де-Антин, 120 км западнее Панама-Сити) широко известна своими орхидеями и ботаническими садами Эль-Несперо, а также уникальными маршрутами по вершинам деревьев - по специальным платформам, расположенным в кронах, проложены навесные мостики, по которым можно ходить, не беспокоя местных обитателей.
Бару (исп. Barú) - вулкан в Панаме, высшая точка страны, самый высокий вулкан на юге Центральной Америки.Бару находится в провинции Чирики в округе Бугаба на западе страны в хребте Таламанка. Высота над уровнем моря - 3474 м, в ясную погоду с вершины видны Тихий океан и Карибское море.
Национальный морской парк Бастиментос (исп. Parque Nacional Marino Isla Bastimentos) - национальный парк, расположенный на островах архипелага Бокас-дель-Торо в одноимённой панамской провинции. Основная его часть находится на острове Бастиментос.
Национальный парк Дарьен - национальный парк в Панаме. Расположен в 325 км от города Панама и является самым большим по площади национальным парком этой страны и одним из крупнейших в Центральной Америке. Находится в одноимённой провинции на территории Дарьенского пробела,
Койба (исп. Coiba) - крупнейший остров Панамы. Расположен в Тихом океане в отдалении более чем на 10 километров от материка, к западу от полуострова Асуэро. Ближайший крупный город - Давид, ближайший крупный остров - Рей.Парк входит в число объектов Всемирного Наследия ЮНЕСКО.
